Az Atlantis a Csillagkapu univerzum egy másik szegletét mutatja majd be, egy teljesen más csapat szemszögéből.. Daniel Jackson a Pegazus galaxisban találja meg az elveszett várost, amelynek tárcsázásához egy a Lost City című részben talált eszköz, a ZPM energiája szükséges. Éppen ezért a tárcsázás megismételhetősége kétséges.
Az Ősök eszközeit csak egy bizonyos génnel rendelkező emberek képesek irányítani. John Sheppard őrnagyról véletlenül derül ki, hogy nemcsak rendelkezik a szükséges génnel, de ráadásul koncentráció nélkül, azonnal képes irányítani a berendezéseket.
A hetedik évad végén megismert Dr. Elizabeth Weir lesz az Atlantis expedíció vezetője, aki egy több országból verbuvált, főként tudósokból álló csapattal indul Atlantis felfedezésére.Elsődleges céljuk megismerni Atlantist, és az azt építő Ősök tudását. Már érkezésükkor komoly problémákba ütköznek, melynek következtében úgy döntenek, felfedezik a galaxis bolygóit. A csapatot kíséri néhány katona is, akiknek a vezetője már az első expedíción meghal.
A balul sikerült küldetésen hőseink összefutnak egy olyan ellenséggel, akik valószínűleg az Ősöket is elpusztították. A Wraith - egy vámpír-szerű, nehezen elpusztítható, természetes halált nem haló faj, mely emberi életerővel táplálkozik - nem csak veszélyes, de félelmetes is.
Az ismeretlen városban, ismeretlen, ősi technikával körülvéve, ezekkel a "vámpírokkal" kell egy maroknyi emberi csoportnak a Földről, valamint a Pegazus galaxisban lelt barátaiknak felvennie a harcot. Az expedícióra viszonylag kevés katona tartott a tudósok csoportjával. Sumners ezredes halála után az irányítást Sheppard őrnagy veszi át. Ő lesz a Pegazus bolygóira induló expedíciók vezetője, helyettese és társa pedig Aidan Ford hadnagy.
A Csillagkapu sorozatból ismert kanadai Dr Rodney McKay kísérletezik az Ősök által hátrahagyott technológiákkal, sőt, a skót Dr. Carson Beckett -a csapat orvosa- génkísérletének köszönhetően részlegesen képessé válik ezen technológiák használatára is.
A csapatot segíti az első bolygón megismert, Teyla és népe, akik az Ösök leszármazottai.
A filmre ne úgy tekints, mint egy szórakozás, - hanem mint művészet!
